中国科学院深圳进步前辈技能研究院合成生物学研究所、深圳合成生物学立异研究院研究员翟冰课题组于Nature Microbiology上，发表了题为“肠道真菌动态变化及近光滑念珠菌定植与造血干细胞移植临床成果的相干性阐发”（Hematopoietic cell transplantation outcomes are linked to intestinal fungal dynamics and an expansion of Candida parapsilosis complex species）的文章，该行列步队阐发研究经由过程ITS1扩增子测序及真菌造就组学的要领，时序性描绘了156位造血干细胞移植患者的1279份肠道样本的真菌菌群动态变化，发明肠道真菌菌群掉调与移植后较低的总存活率显著相干。加州年夜学洛杉矶分校医学中央传授Scott Filler及博士林剑锋于同期的News Views上发表评论文章，认为该文展现了造血干细胞移植历程肠道真菌菌群对于临床成果的主要潜于影响，并展示了将来肠道菌群研究中，综合阐发细菌及真菌菌群的须要性。

异基因造血细胞移植(Allogeneic hematopoietic cell transplantation, allo -HCT)是可以治愈白血病等恶性血液疾病的疗法，但实行历程中会造成患者处在较永劫间的严峻免疫缺陷状况。为了降低此时期发生气希望会性传染的危害，接管异体造血干细胞移植的患者需综合利用抗细菌、抗真菌、抗病毒等预防性药物。移植历程中细菌群落的动态变化已经有较深切周全的研究，该研究团队曾经对于肠道真菌菌群动态变化与真菌菌血症发生开展病例比照研究（Zhai et. al.Nature Medicine2020），但关在此类患者总体的肠道真菌动态变化状态和其与移植保存率等临床成果的联系关系尚不明确。此研究经由过程测序及造就组学的要领，时序性阐发了156例异基因造血干细胞移植患者移植早期（移植前10天至移植后30天）肠道真菌群落构成及动态变化。

相较细菌而言，造血干细胞移植时期患者肠道内真菌菌群的品貌及多样性变化其实不较着，但真菌菌群的不变性（stability）相对于较差，相邻两天的真菌菌群构成仅有70%摆布的相似度（图1）。这些真菌菌群的特质决议了研究中不克不及仅存眷群落的品貌及多样性。是以，该研究引入造就组学的计谋，对于肠道样本举行测序的同时，检测此中可以造就获得的真菌身分。

综合ITS测序及真菌造就的成果，研究发明该行列步队中有12%（19/156）的病人于免疫缺陷期会发生以肠道近光滑念珠菌（C. parapsilosis）定植为特性的真菌菌群掉调环境（图2）。近光滑念珠菌的高频率呈现可能与该行列步队患者遍及利用米卡芬净作为预防真菌传染药物相干，由于这类真菌对于米卡芬净的耐受性较高。研究进一步阐发了发生近光滑念珠菌肠道定植的患者的临床成果（图2），发明纵然综合思量春秋、共病、移植物种类型、原发疾病、抗厌氧抗生素的利用环境后，患者的移植后总存活率仍显著低在未发生近光滑念珠菌肠道定植的患者。成果注解，肠道真菌的动态变化可作为造血干细胞移植疗法预后的生物标志物。

该研究平行阐发了肠道真菌与细菌的动态变化，发明存于近光滑念珠菌定植的粪便样品中，肠道细菌密度显著降低。与近光滑念珠菌发生共定植的细菌重要是葡萄球菌属及链球菌属，而这个行列步队的患者中最常发生肠道定植的肠球菌属却很少与近光滑念珠菌同时呈现。因为此前针对于造血干细胞移植患者的肠道菌群研究重要集中于发生肠球菌定植的病人亚群中，该研究从真菌角度为肠道菌群动态变化及移植相干临床成果的角度提供了更周全的认知。

综上，研究注解于异基因造血干细胞移植的配景下辨认及解决肠道真菌菌群掉调有助在改善患者的预后，研究还有夸大存眷真菌菌群于移植医治中的主要性。

图1.肠道真菌群落的不变性较低

图2.发生近光滑念珠菌肠道定植的病例（左）移植后总存活率较差（右）

图3.肠道真菌与细菌的共定植阐发

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